他人との交流を避け、「明日世界が終わればいい」と願う内気な高校生――島崎史樹は、自らの「聖域」と称する廃墟で耳に“23”の刻印を持ち人の言葉を話す奇妙な犬と出逢う。その日から彼の退屈な日常は一変してしまった。“生命の樹”、“未知の細胞体”、“犬神伝承”――科学と神話が交差し、圧倒的なスケールで描かれた伝奇SFホラーの金字塔がフルカラー改訂版で蘇る!!

「人間を見ろ」―――23と同じ使命を持って現れた“荒ぶる犬神”ゼロ。だが人間に敵意を向けるゼロと、人間に味方する23は衝突しあってしまう。激しい死闘の末、史樹と離ればなれになった23は、謎の男達によって倉田製薬生体研究所の施設に収容されてしまった。犬神の細胞を使って動物実験を繰り返すその場所では、想像を絶する“怪物”が誕生しようとしていた…!!!

“23細胞”によって誕生した突然変異体との激闘が決着――。23の行方を追って倉田製薬生体研究所に忍び込んでいた史樹は、そこで遂に23と再会を果たす。平和な日常を取り戻した史樹と美伽は喜び合うが、倉田製薬で人間の闇を垣間見た23の心には困惑が広がっていた。そんなある日、N県で村民45人が惨殺される事件が発生する。唯一の生存者として全裸の少年が無傷で保護されるが……。

村民45人惨殺事件のただ一人の生存者である高校生・鳥羽悠一は、第三の犬神が擬態した姿であった。人間社会にとけ込み、無秩序に殺戮を繰り返す第三の犬神が向かった先は、あの倉田製薬生体研究所だった。新たな戦闘に史樹を巻き込まぬよう23は、単身で倉田製薬へと向かっていく。やがて23と擬態タイプの犬神が対峙する時、人智を超えた壮絶なる戦いが幕を開ける……。

あらゆるものに擬態する最強の“第三の犬神”。殺意の固まりとも言うべき犬神は、倉田製薬生体研究所に侵入し、さらに殺戮を加速させる。「人間殺せ……あいつに命じたの私…」衝撃の告白を史樹に伝えた23は、その責任から倉田製薬に乗り込み、犬神との最終決戦に臨む……。