凄絶なる虐げの果てに産まれるは、暴発的なまでの殺意か狂恋の塗れか──黒湖（クロコ）の元へやってきた凛子はひな子と同じ私立まりも學園の、初等部に転入する。初日から學園になじみ始めたその刹那、高等部の校舎が爆発──。學園からの通報を受けてやってきた黒湖は、これが事件であり、犯人から脅迫を受けている旨を全校生徒に告げる。そして、黒湖の前に蘇芳皆子と名乗る高等部三年生が自首してくる。爆弾を自製する才能に惚れた黒湖は、彼女が爆弾を作る動因“壮絶なる虐め”と対峙し、事件は解決かと思われたが、皆子も知らない別の爆発が起こり…。

国を憂う古の組織は、現世に甦りし亡霊か──第二次大戦末期に結成された過激派組織「千仞の獅子」の幹部・緋垣刀吉郎が何者かの手引きで拘置所から脱走。自らを「桜剪会」と名乗り、警察に宣戦布告、化学兵器テロを予告する。国会議員は惨殺され、捜査員も深手を負う…。黒湖は組織のアジトを突き止める為、地下格闘チャンピオン・錆浦蘭の元へ。知り得た情報から、今まで出会ってきた人々を総動員し、アジトの場所を割り出すが、テロは静かに実行され…。

燈台の下に集いし亡者共。仄暗い底から見るは緋の灯りか、血の赤か──「桜剪会」と名乗る超過激派組織が、警察にテロを仕掛けた──。警視庁内での化学兵器テロを受けた警察だが、黒湖が突き止めた桜剪会のアジトへ向かい、攻勢をかける。黒湖、朽葉、凛子、うらら、ひな子──。それぞれがそれぞれの手練を駆使し、桜剪会メンバーとの死力を尽くした戦いが始まり、そして…。

硬く築き上げられたその物は、理想とエゴイズムの成れの果てか…。超過激派組織「桜剪会」首謀者・緋垣と黒湖の戦いがついに始まる。黒湖は、緋垣の裏にいる協力者の存在を感じ、事件の全貌を聞き出そうとするが、緋垣の目的は全く別の所にあった…。「忘却の“桜”」編、ついに完結――。そして、束の間の休息に黒湖達の前に現れたのはおよそ信じられないものであった……。

人を救ける善意あり、海に紛れし悪意あり――。ひな子の夏休みを利用して、黒湖達は水族館にイタチザメを見に行くが、そのイタチザメは、水槽で人間の左手を吐瀉する…。左手の監察結果は、サメが食いちぎったものではなく、刃物で切断されたものだった――。黒湖はサメを調べに港町に向かい、そこでサメを獲った少女に出会う。少女と共に左手の捜査を進めると、その町独自の発展をしたキリスト教と多数の行方不明者が捜査線上に浮上し…。