人が巨大な虫になる奇病[カガステル]が発症。虫(カガステル)は理性を失い、人を襲い、繁殖し続ける。人類が虫(カガステル)の“駆除”を認めたのは、人口の三分の二が喰い殺された後だった――。“駆除屋”として生きる少年・キドウは、“虫籠”で死にかけた男を発見。男は娘を託し息を引き取る。残された娘・イリは、父が死んだ哀しみでその場を動こうとしない。キドウはそんな少女の頬を叩き、言い放つ。「生きる気がないならここで死ね」――それが二人の出会い。

【お試し版】人が巨大な虫になる奇病[カガステル]が発症。虫(カガステル)は理性を失い、人を襲い、繁殖し続ける。人類が虫(カガステル)の“駆除”を認めたのは、人口の三分二が喰い殺された後だった――。“駆除屋”として生きる少年・キドウは、“虫籠”で死にかけた男を発見。男は娘を託し息を引き取る。残された娘・イリは、父が死んだ哀しみでその場を動こうとしない。キドウはそんな少女の頬を叩き、言い放つ。「生きる気がないならここで死ね」――それが二人の出会い。

E-05で駆除屋を狙った猟奇的な殺人事件が相次ぐ。過去が胸を掠めるキドウの元に、一通の手紙が届く…。一方、イリはキドウが気になっている。駆除屋は人殺し、恐い存在だと認識されているけど、キドウは恐くないんじゃないかと思っていた。だけど剣を持った彼は、紛れもなく“駆除屋”だった。そんなある日、マリオからおつかいを頼まれるイリ。しかし道中でサイフを盗まれてしまった！　その先に待ち受けていた、影――。

E-05を守る東方連合軍の軍人・カシムは、五年前に西ゲートを街ごと燃やしたことをずっと悔やんでいた。そうしなければ他に被害が出てしまう可能性があったとはいえ、そこに取り残された家や親を亡くした子供に「仕方がなかった」とは言えない…。償うように西ゲートの子供たちのことを気にかける日々。そんな中、砂地の中を這うカガステルが発見される。そのカガステルを引っ張り出すには囮が必要だ。カシムはその囮役に手を挙げた…！

人々を守るべき存在の軍により、イリたちのいるE-05が武装制圧を受ける。キドウはイリを連れて逃亡を謀るも、駆除屋殺しのアハトがその路に立ち塞がった。騒然とする中、ジンはある情報を元に、メモリーチップを発見。そこにはイリの父、グリフィスの言葉が遺されていた。2104年、グリフィスがカガステルの研究所に来た頃に、時は遡る――。