みごと高校入試に合格した夕梨（ゆうり）は、ずっと好きだった氷室君とファーストキスまでして、嬉しいことばかり。でもそんなある日、彼女の目の前でコップの中の水が勝手にわきあがるという奇妙な出来事が！！さらに、水槽の中から手が出てきたり風呂の中に引き込まれそうになったりと、おかしな事は続く。初めは錯覚だと思っていたのだが、しだいに怖くなっていく夕梨。そしてある日、氷室君とのデートの途中で、夕梨は水たまりから出てきた手に捕まって、水の中に消えてしまう。やっとの思いで水から逃れた夕梨だが、辺りにはさっきまでとは全く別の風景が広がっていた。なんとそこは古代ヒッタイト帝国で…！？

20世紀の世界に戻るために必要な夕梨の服を取り戻すため、夕梨は使用人のティトを連れて皇妃の宮に忍び込む。しかし、そこには皇妃のワナが！なんとか服を取り返した夕梨だが、ティトは夕梨を逃がすために捕らえられてしまう。ティトを帰してもらおうとする夕梨。けれど、ナキア皇妃はタワナアンナ（帝国第1の女性の称号）の権威をたてに相手にしてくれない。そして翌日、城の外にティトの死体が。悲しみにくれる夕梨だが、そんな暇もなく夕梨を20世紀の世界に帰す儀式が始まる。この機会を逃すと、あと1年は待たなければならないというのだ。嬉しいはずの夕梨だが、ティトのことを思うと素直に喜べなくて…。

ナキア皇妃によって地下道にとらわれていた夕梨は、なんとか追手から逃げきり地上へ脱出することに成功。しかし、そこにタロスという老人が現れる。彼はなんとティトの父親だった。夕梨のせいでティトを殺されたと信じている彼は、夕梨を助けるどころか逆に追手と戦うことを強要する。しかたなく戦うことを決意した夕梨は、数ある中からみずぼらしい1本の剣をとる。実はその剣は、ティトの一族に伝わる宝剣だった。迷わずその剣を選んだ夕梨の中に、彼は戦いの神・イシュタルの姿を見る。そこへ、ティトを殺した張本人・ズワが現れる。宝剣を手にした夕梨は、ティトの仇を討つべくズワにむかっていくのだが…！？

キッズワトナの街はミタンニ軍の急襲によって火の海と化した。夕梨はザナンザを残し、カイルの待つヒッタイト軍を呼びに夜通し馬を走らせる。知らせを聞いたカイルは、ザナンザを助けるため兵を率いて一路キッズワトナへ。間一髪でザナンザを助けることができたカイルだが、ミタンニ随一の名将・血の黒太子と直接対決することになった。兵力で劣るヒッタイト軍だが、カイルとザナンザの巧みな作戦もあって勝負は互角。夕梨も自ら剣をとり、戦いに参加する。しかしキッズワトナ軍がミタンミ側に寝返ったことで、状況は一気に不利に。だがカイルが退却命令を出そうとした時、キッズワトナ市民が暴動を起こして…！？

ミタンニ軍が駐留する都市国家・マラティア。ザナンザが黒太子をおびき出している間に、カイルと夕梨は少ない兵を引き連れてマラティア入りした。敵を油断させるため、わざとふざけた態度をとるカイルに、城の太守たちもあきれ顔。作戦通りすっかり手薄になった警備をかいくぐり、夕梨たちは城内を詮索。街や城の地図とともに、秘宝”竜の眼”を捜す。一方、マラティア軍はカイル達のことを知らせるために黒太子に伝令を送るが、カイルの部下が待ち伏せして、伝令を止めることになっていた。しかし、カイルの部下たちは何者かによって殺されてしまう。伝令は黒太子のところへ届いてしまい、計画は崩れ始めて…！？